El genoma dels Flavivirus consisteix en una sola cadena de RNA de polaritat positiva amb una longitud de, aproximadament, 11kb. Presenta gran similaritat amb els mRNA de les cèl·lules eucariotes, fins i tot presenta una caputxa al seu extrem 5′, tot i que no té una cua de poli A a l’extrem 3′; per tant, a més de servir com a genoma fa les tornes també com a mRNA viral. Poseeix un unic marc obert de lectura (ORF, open reading frame) i codifica per a una única poliproteïna:
Aquesta poliproteïna (d’uns 3400 aminoàcids) serà processada post-transcripcionalment per la mateixa cèl·lula hoste: es tallarà amb proteases virals i cel·lulars per a donar lloc a les diferents proteïnes, tant estructurals (E, M/prM, C) com no-estructurals (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, NS5).